I Laghi Alimini, situati a 7 km a nord-ovest di Otranto, costituiscono uno degli ambienti umidi più importanti dell'area salentina e rappresentano uno degli ultimi lembi residui di un lungo sistema di zone umide che una volta si estendevano quasi ininterrottamente dal Gargano fino all’estremità del Salento.
Situati tra la macchia mediterranea e il mare, che incontrano alla foce tra una sottile fascia di dune sabbiose, i due laghi impreziosiscono il territorio circostante, formando due specchi d'acqua di forma allungata paralleli alla linea della costa.
Il bacino settentrionale è denominato "Alimini Grande" per la sua maggiore estensione, ed è di origine carsica; quello meridionale, "Alimini Piccolo", o più comunemente "Fontanelle", deve la sua formazione all'azione abrasiva del mare.

La loro nascita risale ad un'età remota, databile, secondo alcuni geologi, intorno al Mesozoico.
Ulteriori trasformazioni si ebbero nel Pleistocene, le quali causarono il progressivo ribassamento dell'entroterra verso il mare Adriatico. Questa serie di elementi tettonici ha determinato l'attuale aspetto dei bacini.
Nel periodo quaternario, Fontanelle, fu un vero lago indipendente da Alimini Grande e le sue acque, dapprima salmastre, divennero sempre più dolci per la mescolanza con le acque piovane e con quelle sorgive.  
Ciò, creò le condizioni ideali per il fiorire della flora e della fauna lacustre. Oltre 150.000 anni fa, in tali luoghi, faceva la sua comparsa l'uomo primitivo. Infatti, grazie a numerosi ritrovamenti, si è accertato che questa terra fu abitata dall'uomo fin dai suoi primordi.
I Greci antichi con il termine greco "limne" intendevano sia il lago che lo stagno di acque ferme.
Nel 1800, la campagna che circondava i laghi era deserta; esistevano solo poche masserie, alcune delle quali erano abbandonate tre quarti dell'anno, a causa dei miasmi che esalavano dalle paludi.
In quest'area, il rischio di contrarre la malaria era molto alto nel periodo estivo, quando avveniva il prosciugamento delle zone paludose.
Per questo motivo si iniziarono, verso la fine dell'ottocento, diverse opere per la bonifica di queste zone. Il risanamento di questi campi insalubri diventava un fatto di grande importanza, perché da esso dipendeva il benessere di tutta la provincia. Oltre ai lavori di bonifica ci fu anche lo sbarramento lungo il canale "Lu Strittu", voluto dall'Ente Irrigazione, che ha separato il lago Alimini Grande dal Piccolo, per evitare che le acque di quest'ultimo fossero altamente saline.
Da metà Novecento la situazione si è stabilizzata, consentendo la possibilità di sostare in qualunque periodo dell'anno ed anche il paesaggio subì un netto cambiamento. Le strade esistenti vennero sistemate e se ne crearono delle nuove, vincendo l'emarginazione spaziale e dotando quest'area di una accentuata tendenza vacanziera.


Alimini Grande
e' circondato da una corona rocciosa, tranne un vasto tratto settentrionale detto Palude Traugnano, una parte del rilievo e' coltivata e appare brulla e tempestata di "specchie".
Il lago ha una forma di triangolo: il vertice a est collega il lago al mare; qui si trova il canale la "Foce" lungo circa 150 metri, che è attraversato da due ponti. Il più esterno è il Ponte Vecchio, a cinque arcate e con saracinesche ermetiche che bloccano il collegamento tra il mare e il lago. Più all'interno vi è il Ponte Nuovo, più moderno, senza arcate, con sbarramenti non ermetici, ma con griglie disposte a "nassa" che permettono ai pesci di entrare e non di uscire.
L'altro vertice del triangolo volge a settentrione, in una zona paludosa, caratterizzata da canneti. Qui il lago Alimini Grande finisce ed inizia lo stagno di Traugnano a ridosso del quale scorre il canale della sorgente Zudrea, che insieme ad altre è una delle fonti di alimentazione del lago, oltre al mare e ad un bacino imbrifero.
Il terzo vertice è rivolto a meridione e sfocia nel canale "lu Strittu" che collega i due laghi. Questo canale venne sbarrato da una piccola diga di cemento per impedire alle acque salate dell'Alimini Grande di riversarsi nel lago Fontanelle.
Quindi lo scambio di acqua tra i due laghi avviene solo quando si alza la marea.
Le acque dell'Alimini Grande hanno quasi la stessa salinità del mare, grazie al continuo collegamento col mare, fatta eccezione per alcune zone in cui vi sono sorgenti.
Il lato sud-occidentale, rimboschito negli anni '50, e' attualmente una riserva faunistico-venatoria. La parte sud-orientale, oggi oasi di protezione, e' invece caratterizzata da una fitta vegetazione composta da essenze tipiche della macchia mediterranea e dalla rara erica pugliese.

Verso sud Alimini Grande si restringe fino a collegarsi al lago Fontanelle (Alimini Piccolo).
Le acque che alimentano il lago provengono dalla falda freatica, sita nelle rocce tufacee, dal canale "Rio Grande", che ha origine nella serra della vicina Montevergine e dalle numerose sorgenti poste sul fondo.
Il problema del lago è la tendenza a trasformarsi in palude, in quanto non può ricevere le acque dal mare e dalle sorgenti a causa della sedimentazione del fondale. Le acque dell'Alimini Piccolo non sono altamente saline e il grado di salinità dipende dalla stagione in quanto, in estate, aumenta sensibilmente come conseguenza dell'evaporazione dell'acqua.
Qui il paesaggio presenta un modesto rilievo roccioso che costeggia il lago, in cui si aprono dei ripari. Fontanelle e' circondato da vegetazione palustre con acque dolci.

Le grotte e le insenature della zona sono visitabili soltanto accedendovi dal mare, anche con piccole imbarcazioni.

I Laghi Alimini sono due bacini che pur essendo molto vicini tra loro ed intercomunicanti, presentano origine e caratteristiche floristico-vegetazionali differenti.
A settentrione, la vegetazione palustre si divide in tre fasce: quella più interna è ricoperta sempre di acqua, fatta eccezione nei mesi tra giugno e settembre e la specie caratteristica è un tipo di canna che può crescere anche dove l'acqua è salata; la fascia intermedia è ricoperta di acqua nel periodo autunno/inverno, la vegetazione è molto fitta e la canna è rara.
Particolarmente interessante è la presenza del mirto. La terza fascia è quella che si sviluppa sui terreni acquitrinosi che si ricoprono di acqua solo nei periodi piovosi, la vegetazione è caratterizzata dalla presenza delle graminacee.
I laghi sono habitat ideale per folaghe, moriglioni, germani reali, anatridi in genere, cormorani, aironi e gabbiani.
Il collegamento con il mare consente lo sfruttamento economico del bacino maggiore come allevamento ittico.



 


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